La collection, constituée surtout d’œuvres des XVII ème et XIX ème siècle, fut rassemblée par Adolphe Philippe d’Ennery (1811-1899), journaliste et dramaturge et son épouse.
La collection extrême-orientale doit, elle, son existence à la perspicacité et à la passion de son épouse, Clémence d’Ennery, pour les arts de la Chine et du Japon, manifestées dès avant son mariage.
Madame Clémence d'Ennery légua cette collection, ainsi que l'hôtel particulier qui abrite aujourd'hui le musée, en 1898, à l'État.
Le legs ne fut validé qu'en 1903. Le musée est inauguré le 27 mai 1908.
Le grand sinologue Paul Pelliot en fut le conservateur en chef à partir de 1930 jusqu'à sa mort en 1945.
Après seize ans de fermeture, le Musée d’Ennery a ouvert à nouveau ses portes au public le 5 avril 2012.
Il a été inscrit aux monuments historiques, vitrines comprises, par un arrêté du 11 juillet 1979,
et a reçu le label musée de France. Le musée dépend aujourd'hui du musée Guimet.